FAT有两种，FAT16和FAT32分区格式，FAT32格式可以使每一个分区有2的32次方，也就是：4294967296个簇，每一个簇最大有64个扇区，每扇区512个字节，这样每一个分区可以达到2TB的容量。在一个不超过8GB的分区中，FAT32分区格式的每个簇都固定为4KB，与FAT16相比，大大减少了磁盘空间的浪费，这就提高了磁盘的利用率。FAT32格式也存在着一些问题，Fat32不能保持向下兼容。当分区小于512M时，Fat32不会发生作用。单个文件不能大于4G。
NTFS格式，NTFS被用在Windows NT系列操作系统上，它具有安全、稳定、可压缩、以及在使用中不易产生文件碎片，等特点。FAT文件系统相比最大的特点是为系统提供了安全保障。在NTFS的分区上，每个文件或者文件夹都可以单独的分配一个许可，这个许可使得这些资源具备更高级别的安全性，用户无论是在本机还是通过远程网络访问设有NTFS许可的资源，都必须具备访问这些资源的权限。 NTFS支持对单个文件或者目录的压缩。这种压缩不同于FAT结构中，对驱动器卷的压缩，其可控性和速度都要比FAT的磁盘压缩要好的多。对于超过4GB以上的硬盘，使用NTFS分区，可以减少磁盘碎片的数量，大大提高硬盘的利用率；NTFS可以支持的文件大小可以达到64GB，远远大于FAT32下的4GB；支持长文件名。对于NTFS5.0来讲，它支持动态的分区，也就是说可以在线地改变分区的大小，不用退出系统，也不用格式化和重新启动。说了这么多关于分区的问题，这都是格式化时候要考虑的，对于一般家庭用户来说，FAT32格式是个比较好的选择，不会因为格式化使得权限证书丢失，导致无法打开以前加密过的恶某个文件。而对于服务器，或者是一类公用计算机来将，NTFS格式当然是首选，还原数据，文件加密，空间压缩等等，为计算机能良好运行提供了重要保障。
虽然NTFS格式比FAT格式先进，但系统一旦出现问题，NTFS格式的就比较麻烦，所以说将活动分区设置为FAT32格式，其他分区设置为NTFS格式是比较合理的一种方式。
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